1. 關於合成難度高的氨基酸

包含複雜Cys, Met或Trp residues的Peptide，比較難達到高純度的標準，有一部份是因為這些剩餘氨基酸，具有高度氧化的特性。因此，在序列上的安排，應盡量避免Cys, Met或Trp residues的設計。

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2. 關於peptide 溶解度

Peptide的可溶性強度，取決於氨基酸的排列組成，含有高濃度hydrophobic 的Peptides(例如: Leu, Val, Ile, Met, Phe 以及 Trp)，在水溶液中的可溶性將會有所限制甚至消減。

因此我們會建議如果要合成Peptide，hydrophobic胺基酸的含量應低於50%，較不會有合成上的影響。

 

3. 關於次級結構

在合成的過程中， β-sheet 的組成會造成某種程度上序列的破壞，這個問題可以由避開選擇複雜的氨基酸，例如: Val, Ile, Tyr, Phe, Trp, Leu, Gln, and Thr，而得到改善。